Федерация независимых профсоюзов России образована 19 сентября 1990 года как независимый от государства, политических и предпринимательских структур национальный профсоюзный центр. Сегодня ФНПР является самым крупным объединением трудящихся России и включает 122 членские организации, в том числе 40 общероссийских, межрегиональных профсоюзов и 82 территориальных объединения организаций профсоюзов. Ещё четыре общероссийских профсоюза сотрудничают с ФНПР на основе соглашений. В профсоюзах, объединяемых ФНПР, состоит более 20 миллионов членов - около 95 процентов всех членов профсоюзов в Российской Федерации.      

Программа Федерации независимых профсоюзов России "Достойный труд – основа благосостояния человека и развития страны", принятая в 2015 году IX съездом ФНПР, определяет перспективные задачи федерации. Это – установление заработной платы в России на достойном уровне, обеспечение занятости и безопасных условий труда, соблюдение государственных социальных гарантий, создание условий для гармоничного развития личности. С октября 1993 года председателем Федерации независимых профсоюзов России избирается Михаил Викторович Шмаков.

ФНПР участвует на экспертном уровне в разработке проектов федеральных и региональных законов, касающихся социально-трудовой сферы, соблюдения прав трудящихся и профсоюзов. ФНПР активно влияет на процесс совершенствования российского законодательства, в том числе через своих представителей в Государственной Думе Российской Федерации – межфракционную депутатскую группу "Солидарность". Наиболее значительными эпизодами этой работы стало принятие и совершенствование Трудового кодекса Российской Федерации, принятие закона о запрете "заёмного труда", ратификация важнейших конвенций Международной организации труда.

Правовые службы ФНПР и её членских организаций постоянно участвуют в судебных заседаниях, разрешающих трудовые споры и конфликты. Ежегодно рассматривается 14-15 тысяч подобных дел. При этом, в более чем 90% случаев решения выносятся в пользу работников, а экономический эффект этой работы для трудящихся составляет миллиарды рублей. 

Свой стратегический курс ФНПР связывает с полноценной реализацией системы социального партнёрства. В её основу положен принцип заключения коллективных договоров на предприятиях, а также отраслевых и региональных трёхсторонних соглашений. На федеральном уровне ФНПР играет ведущую роль в деятельности профсоюзной стороны Российской трёхсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений. Регулярно заключаются Генеральные соглашения между общероссийскими объединениями профсоюзов, общероссийскими объединениями работодателей и правительством Российской Федерации.

Миллионы россиян принимают участие в организованных под эгидой ФНПР коллективных акциях. Из наиболее крупных выступлений российских трудящихся под эгидой ФНПР следует отметить: Всероссийскую акцию протеста осенью 1998 года "Нет - губительным экономическим реформам!", Всероссийскую акцию протеста в июне 2004 года "Нет – наступлению на социальные права и интересы трудящихся и населения". В апреле - мае 2007 года прошли три этапа коллективных действий ФНПР под общим лозунгом "За соблюдение прав трудящихся! За достойную жизнь!". С 2008 года ФНПР включилась в глобальную международную кампанию: Всемирный день действий "За достойный труд!", проводимую ежегодно 7 октября.

В первомайских шествиях и митингах, организуемых ФНПР, ежегодно принимают участие миллионы россиян, предъявляя насущные требования к работодателям и исполнительной власти. Во многом благодаря протестным действиям профсоюзов удается повышать уровень оплаты труда наёмных работников; обеспечивать стабильность на рынке труда, сдерживать неконтролируемый рост тарифов на жилищно-коммунальные услуги, вести результативные переговоры по вопросам обеспечения охраны труда, соблюдения государственных социальных гарантий и другим актуальным темам.

ФНПР, её членские организации оказывают большую практическую помощь работникам, принявшим решение вступить в профсоюз или создать первичную профсоюзную организацию. Ежегодно в профсоюзах, объединяемых ФНПР, создаётся более 5 тысяч новых первичек.

ФНПР имеет развитую систему профсоюзного образования. В неё входят два высших учебных заведения - Академия труда и социальных отношений (АТиСО) в Москве и Санкт-Петербургский гуманитарный университет профсоюзов (СПбГУП) в Санкт-Петербурге. В десятках регионов России создана сеть их филиалов.

Федерация независимых профсоюзов России активно сотрудничает с Международной организацией труда (МОТ). ФНПР поддерживает братские отношения с более чем ста национальными профцентрами из 70 стран мира и является крупнейшей членской организацией Международной конфедерации профсоюзов, которая объединяет 176 миллионов членов профсоюзов. ФНПР является членской организацией Всеобщей конфедерации профсоюзов стран Содружества Независимых Государств. Председатель ФНПР Михаил Шмаков избран вице-президентом МКП и президентом ВКП.